Tissue Modelling

Test de homogeneidad de frecuencias

Si se quiere comparar las frecuencias de las 4 estaciones del año, con respecto a conteos de cualquier variable aleatoria. El código R sería el siguiente:

.Table <- matrix(c(24,32,10,9))
 colnames(.Table) <- c('1', '2', '3', '4')
 .Table  # Counts
 .Test <- chisq.test(.Table, correct=FALSE)
 .Test

Da como resultado:

    Chi-squared test for given probabilities

data:  .Table
X-squared = 19.9867, df = 3, p-value = 0.0001708

El Atractor de Lorenz con SCILAB

 

// ODE definition

function ydot=lorenz(t,y)

x=y(1);

a=[-10,10,0;28,-1,-x;0,x,-8/3];

ydot=a*y

endfunction

function j=jacobian(t,y)

x=y(1);yy=y(2);z=y(3);

j=[-10,10,0;28-z,-1,-x;-yy,x,-8/3]

endfunction

/// Integration

y0=[-3;-6;12];t0=0;step=0.01;t1=10;

instants=t0:step:t1;

y=ode(y0,t0,instants,lorenz,jacobian);

//Visualization

clf()

a=gca();a.title.text=’Lorenz differential equation’;

a.title.font_size=4;

param3d(y(1,:),y(2,:),y(3,:))

//Después de copiar este código pulsar ENTER dos veces

 

Análisis chi-cuadrado para Tablas de contingencia (código R)

 .Table <- matrix(c(70,100,75,85,285,230,90,233), 2, 4, byrow=TRUE)
 rownames(.Table) <- c('1', '2')
 colnames(.Table) <- c('1', '2', '3', '4')
 .Table  # Counts
 .Test <- chisq.test(.Table, correct=FALSE)
 .Test

Instalar JRE en Ubuntu

Hay que dar permisos:

sudo dpkg --configure -a

Luego esta linea de comandos:

sudo aptitude install sun-java6-jre sun-java6-plugin sun-java6-fonts

SINK 2.0 (CAS)

Jorge Gonzalez Casanovas PhD by Jorge Gonzalez Casanovas is licensed under a Creative Commons Reconocimiento-No comercial 3.0 España License.
Based on a work at casanovas.blogia.com.
Permissions beyond the scope of this license may be available at http://casanovas.blogia.com.

The material Complex Adaptive System Sink (CAS-SINK) is available from Gonzalez-Casanovas & De la Roche under the following offers:

• Science Commons MTA.
  The offer is available to all institutions

What is a Complex Adaptive System (CAS)

Introduction

Cellular automaton consist of an theoretically infinite number of cells, (in practice is finite) which have a finite number of states. These states change depending on the state of their neighbours. Each cell has the same rule for updating.

Este programa asume que la comunicación celular es vecino a vecino, es decir no se da comunicación a distancia. La configuración de la vecindad determina el cambio de estado de la célula, por ejemplo si esta es macho o hembra en el caso de la gónada de
muchos moluscos bivalvos

 

Screenshots

The Model

In this program, the cells can have two states: 0 (female) or 1 (male). This state depends on the state of their neighbour cells and the place where the cell is.

These are the default update rules:

. If both the cell and path are 1, and the cell has eight neighbours, the cell becomes 0.

. If the cell is 1, path is 0 and the cell has more than three neighbours, the cell changes to 0.

. If both the cell and path are 0, and the cell has more than three neighbours, the cell changes to 1.

. If the cell is 0, path is 1 and the cell has more than two neighbours, the cell becomes 1.

The user can change all the parameters of the program in the configuration menu.

Agradecimientos: Sandra Castillo, for graphic implementation.

Request de software:

If you want an executable of this software, please contact to me:

[e-mail]

Ecologia en Gennio

Encuentra la mejor información sobre ecologia en www.gennio.com

Puedes encontrar toda la información sobre cursos y negocios ecológicos en el buscador "Gennio". También puedes participar en el foro de ecología.

You can found the best information about courses and ecological bussiness in the search engine "www.Gennio.com". Also you can participate in the ecology forum.

Alineamiento de secuencias proteicas

1. La información de esta entrada está obtenida  y reproducida por mi en http://www.bigre.ulb.ac.be/ Acceder a las secuencias de las proteínas cuales descripcion contiene la cadena "Homoserine O-succinyltransferase" en el databank UniProt/Swiss-Prot (la seccion Swiss-Prot de UniProt). Guardar estas secuencias en formato .fasta.
2. Abrir el programa clustalX (disponible en los repositorios de Linux/Ubuntu) y cargar el archivo de secuencias. 
3. Ejecutar el comando Do complete alignment. El programa exporta dos archivos:
   • El "árbol-guía" (guide tree) se guarda en un archivo con extensión .dnd
   • Las secuencias alineadas en un archivo .aln (el formato propio de clustal)
4. Analizar el resultado. Localizar los residuos conservados, y los "gaps" terminales o internos. Comparar el contenido de las columnas con el perfil de conservación, desplegado debajo del alineamiento.
5. En el menú Quality, seleccionar el comando Calculate low scoring segments (calcular segmentos de escore bajo). Analizar el resultado. Se asocian los segmentos de escore bajo a algunas columnas específicas? A algunas secuencias específicas?
6. En el menú Edit, seleccione el comando Select all sequences.
7. En el menú Quality, correr el comando Save column score to file. El perfil de escores se guarda en un archivo con extensión .qscores. Abrir esto archivo con un editor de textos. Este archivo contiene una representación textual del alineamiento, junto con los escores asociados a cada columna.

 

Maxima, un software libre para matemáticas

Máxima es un potente programa de matemáticas asistidas por ordenador. No sustituye al lápiz y al papel, sino que más bien lo complementa, permitiéndonos hacer cálculos complicados y así ahorrar tiempo. La ecología es una ciencia que exige hacer modelos matemáticos, pero el ecólogo a veces tiene dificultades con las matemáticas. Hay que perderles el miedo y esta herramienta nos puede servir de apoyo.

Instalar R y el GUI R-commander en Ubuntu

R es uno de los programas de estadística más potentes que existen, mejor incluso que otros propietario, bastante caros. Es una alternativa libre a los paquetes estadísticos más usados, como SPSS y STATISTICA: Es compatible con hojas de cálculo como Open Office, siempre y cuando a la tabla se le de formato *.csv y se importa desde R-commander. R era muy árido, pero ahora tenemos la (GUI) Graphical User Interface: R-commander.

Los pasos a seguir para instalar la última versión de R (2.7.0) son:

1. Añadir el repositorio CRAN para Ubuntu a la lista de repositorios. Para ello, primero tenemos que editar el archivo /etc/apt/sources.list. Desde la consola, escribimos:

sudo gedit /etc/apt/sources.list

Esto abre el archivo sources.list en el editor Gedit (o el que hayamos elegido). Le añadimos la línea siguiente:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu hardy/

Cambiando “hardy” por la versión de Ubuntu que estemos utilizando, si es que tenemos otra. A continuación guardamos el archivo y cerramos el editor.

2. Para poder leer los archivos CRAN que acabamos de definir, es necesario habilitar una clave. Desde la consola, escribimos:

gpg –keyserver subkeys.pgp.net –recv-key E2A11821
gpg -a –export E2A11821 | sudo apt-key add -

3. Ahora ya podemos instalar R normalmente, con la seguridad de obtener la última versión. Desde la consola:

sudo aptitude update
sudo aptitude install r-base
sudo aptitude install r-base-dev
sudo aptitude install r-recommended

Hecho. Para empezar a trabajar con R, simplemente debemos escribir “R” (mayúscula) en la consola.

Para instalar el R-commander

sudo R
install.packages(’Rcmdr’)
q()

Para ejecutar R-commander basta con poner en el prompt

>R

y a continuación:

>library(Rcmdr)

Y ya estamos listos para trabajar amigablemente con R

¿Porqué Linux?

Pocos proyectos humanos han sido tan populares y emergentes como la creación y difusión del sistema operativo libre y gratuito Linux. En este video se cuenta la historia de Linux, como llegó a gestarse y a difundirse gracias al fenómeno internet. el vídeo es largo, pero merece la pena verlo entero. La distribución más "usable" de este sistema operativo es UBUNTU, en este video teneis instrucciones sencillas sobre como conseguirlo e instalarlo...yo ya lo tengo.

Ayuda para la instalación de UBUNTU 8.10 "intrepid Ibex"

Esta distribución de Linux se puede conseguir gratis en CD con la revista "Todo Linux" de Diciembre del 2008. Si no lo encontrais en quioscos o tiendas de prensa, podeis pedirlo directamente a la editorial.

Diego Córdoba -Matemático- define el producto final de su investigación...

...el Teorema

Tutorial de R en ingles

Esta es la primera parte del Video-Tutorial, el resto de las partes (7) las podeis encontrar en YouTube Pinchando aquí.

Conferencia de Richard Stallman

Nos habla en castellano el gurú del software libre. Una de mis luchas es la de la implantación del software libre, Richard Stallman. La patentabilidad del software es la antesala de las patentes biológicas, los organismos modificados genéticamente y la pérdida de diversidad cultural y biológica.

Teoría del Caos y ecuación logística

Me estoy releyendo el libro CAOS de James Gleick, que se lo recomiendo a todo el mundo interesado por las matemáticas o la ciencia. Todavía me parece increible que una ecuación tan simple como la logística pueda dar un resultado tan sorprendente como el caos y la sensibilidad a las condiciones iniciales. Aviso la ecuación hay que discretizarla porque es dx/dt=rx(1-x), pero para resolverla con un sencillo programa hay que aplicarle el algoritmo de Euler (el algoritmo más simple) con h=1 y queda Xt+1=Xt+rXt(1-Xt), porque si se usa otro algorimo como Runge-Kutta no aparece el caos. Si alguien quiere más detalles para experimentar con el software POPULUS que me escriba.

Vida artificial: ¿modelos, simuladores o juegos?

Parece ser que no está muy claro que es un modelo, un simulador o un simple juego. Si a mi me interesan las poblaciones de tejón (y realmente me interesan) puedo hacer un modelo dinámico de como se relacionan con él hábitat implementar una serie de funciones espaciales obtenidas en el campo y predecir los cambios en la distribución y abundancia del organismo en respuesta a las variaciones de su nicho ecológico. Esto parece bastante claro que sería una aplicación científica de redes neuronales, autómatas celulares y algoritmos genéticos, y el resultado de este trabajo sería una publicación (paper) en una revista (por ejemplo Ecological Modelling). Si por el contrario yo utilizo estas técnicas (llamemoslas de Vida Artificial o computación bioinspirada) para hacer un "mundo" que me invento esto sería una simulación pero no un modelo. Luego está directamente la tecnología volcada al mundo de los juegos, algunos muy directamente vinculados a la vida o inteligencia artificial (este ámbito obviamente es el que más pasta mueve). Los campos, o las aplicaciones tecnológicas se desarrollan según los recursos que generan y hoy por hoy hay más gente dispuesta a pagar por un juego que por tener tejones en la sierra de Madrid. Claro eso se nota, y un experto en tejones tiene que además de formarse durante años saliendo al campo con las botas, saber programar, saber matemáticas y lenguajes no naturales y esto es un problema. No se pueden formar grupos interdisciplinares si no hay dinero, y en la universidad no hay.

Biología de poblaciones, enfoques holísticos y reduccionistas

A los biólogos nos cuentan en la facultad que la dinámica de las poblaciones se representa mediante ecuaciones diferenciales. Una cosa que está muy bien para los físicos y los matemáticos pero que en biología tiene muchas limitaciones. Para empezar una población vista como un todo no permite incorporar el comportamiento de los individuos, sólo permite parametrizar lo que está pasando con toda la población (tasas de natalidad y mortalidad), está bien para comprender cositas como que los recursos limitan el crecimiento de las poblaciones, pero poco más. Sin embargo ahora hay tecnología suficiente para hacer modelos basados en el individuo (enfoque reduccionista), con este enfoque no hay que conocer la natalidad y la mortalidad de toda la población, basta con especificar cuales son los niveles energéticos de cada individuo y los riesgos de predación. Yo no se lo que opinarán los informáticos (que la mayoría acaban haciendo juegos de ordenador en vez de ciencia), pero los ecólogos van a pedir prestadas esas tecnologías para construir modelos basados en el individuo, pero esto no es la panacea, porque luego viene el problema de las "cajas negras", del que ya hablaré cuando sea mayor.

Networks in Ecology

The language of systems ecology are described in a didactic way. You can enjoy with simple explanations of ecological networks. The systems thinking is applied in all levels of organisation, to biological systems and human-machine ecology.

Francisco López PhD, músico en Lima

Mi querido profesor Francisco López de dinámica de sistemas ecológicos y músico experimental alternativo, nos explica como la música puede ser ruido y el ruido música.